Pesantren Intan Ilmu memiliki 2 jenjang pendidikan formal yaitu Sekolah Menengah Pertama dan Sekolah Menengah Atas. Pada tahun ajaran 1440/1441 H, Pesantren Intan Ilmu membuka penerimaan Santri Baru untuk jenjang Sekolah Menengah Pertama.

Berikut ini adalah fasilitas pendidikan di Pesantren Intan Ilmu untuk Tahun Ajaran 1440/1441 H:

  1. Ruang belajar full AC
  2. Asrama
  3. Masjid
  4. Laboratorium IPA
  5. Laboratorium Bahasa dan Komputer
  6. Perpustakaan
  7. Ruang UKS
  8. Unit Usaha Santri
  9. Tim pengajar lulusan dalam dan luar negeri